Lâm nghiệp có ý nghĩa kinh tế và môi trường đối với vùng Đông Nam Bộ. Rừng sản xuất cung cấp nguyên liệu cho ngành sản xuất giấy và gỗ gia dụng, sản lượng khai thác gỗ hằng năm khoảng 250 nghìn m3. Công tác quản lí hệ thống rừng phòng hộ được tăng cường. Các loại rừng đặc dụng được chú trọng bảo tồn dưới hình thức là các vườn quốc gia và các khu dự trữ sinh quyển, vừa bảo vệ đa dạng sinh học, vừa kết hợp khai thác phát triển du lịch sinh thái.

Thủy sản là ngành kinh tế quan trọng trong nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản của vùng Đông Nam Bộ. Trong giai đoạn 2010 - 2021, sản lượng thủy sản tăng nhanh, trong đó khai thác thủy sản chiếm ưu thế và tập trung chủ yếu ở Bà Rịa - Vũng Tàu. Vùng đang đẩy mạnh ứng dụng khoa học - công nghệ hiện đại, đánh bắt xa bờ, định vị tàu thuyền, nâng cấp đội tàu khai thác ngoài khơi.

Xây dựng Đông Nam Bộ trở thành vùng phát triển năng động, có tốc độ tăng trưởng kinh tế cao, động lực tăng trưởng lớn nhất cả nước, trung tâm khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, công nghiệp công nghệ cao, logistics và trung tâm tài chính quốc tế có tính cạnh tranh cao trong khu vực.

Việc bảo vệ môi trường ở Đông Nam Bộ giúp các hoạt động kinh tế, đặc biệt các ngành công nghiệp, dịch vụ (nhất là với ngành du lịch) duy trì hoạt động và mang lại hiệu quả cao. Đồng thời, tạo môi trường trong lành cho các hoạt động xã hội, nhất là trong các đô thị lớn của vùng như Thành phố Hồ Chí Minh, Vũng Tàu, Biên Hoà,..