Đông Nam Bộ có địa hình tương đối bằng phẳng. Đất badan và đất xám phù sa cổ chiếm khoảng 80% tổng diện tích tự nhiên của vùng. Ngoài ra, trong vùng còn có đất phù sa ở hạ lưu các sông Đồng Nai, Vàm Cỏ,…Đông Nam Bộ có khí hậu mang tính chất cận xích đạo, nền nhiệt cao, ít thay đổi trong năm, phân thành hai mùa mưa, khô rõ rệt.

Nằm trong khu vực chuyển tiếp giữa Tây Nguyên và Đồng bằng sông Cửu Long, Đông Nam Bộ có địa hình tương đối bằng phẳng, thuận lợi cho quy hoạch phát triển kinh tế. Đất có hai nhóm chính là đất ba dan có diện tích khoảng 40% và đất xám phù sa cổ có diện tích khoảng 40%, thích hợp cho phát triển các vùng chuyên canh cây công nghiệp lâu năm (cao su, điều, hồ tiêu ) và cây ăn quả.

Vùng Đông Nam Bộ có hệ thống sông Đồng Nai, sông Vàm Cỏ và các hồ chứa như : Dầu Tiếng, Trị An,...có giá trị phát triển thủy điện, cung cấp nước cho sản xuất và sinh hoạt. Nguồn nước nóng, nước khoáng (Bình Châu thuộc Bà Rịa - Vũng Tàu), thích hợp cho phát triển du lịch nghỉ dưỡng.

Tuy diện tích và trữ lượng rừng của vùng Đông Nam Bộ không lớn, song có giá trị cung cấp gỗ dân dụng, nguyên liệu giấy. Hệ thống rừng của vùng có giá trị bảo tồn tài nguyên sinh vật như: Khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn Cẩn Giờ và các vườn quốc gia Nam Cát Tiên, Bù Gia Mập, Lò Gò - Xa Mát, Côn Đảo.

Vùng Đông Nam Bộ có công nghiệp phát triển với cơ cấu ngành đa dạng. Phát triển các ngành công nghiệp dựa trên lợi thế về tài nguyên và lao động như: công nghiệp khai thác dầu thô và khí tự nhiên, công nghiệp thực phẩm, dệt may, giày dép…, ngoài ra, vùng còn hình thành và phát triển các ngành công nghiệp mới, sử dụng công nghệ cao, có giá trị gia tăng lớn và thân thiện với môi trường như sản xuất sản phẩm điện tử, máy tính, cơ khí, chế tạo ô tô, sản xuất phần mềm.

Tài nguyên khoáng sản nổi bật và có giá trị nhất của vùng Đông Nam Bộ là dầu mỏ và khí tự nhiên ở thềm lục địa thuộc các bể trẩm tích Cửu Long, Nam Côn Sơn. Ngoài ra, trong vùng còn có bô-xít, các khoáng sản vật liệu xây dựng như sét, cao lanh, đá xây dựng và ốp lát, cát trắng,..